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该病是由真菌感染引起的。 它可以感染百合类蔬菜，如大葱、洋葱、韭菜和大蒜。 锈病的病菌以夏孢子和冬孢子在病残体上越冬。 第二年春天，由夏孢子随气流传播，也可借雨水传播。 夏孢子发芽后，从叶片的气孔或直接从表皮侵入。 当植物生病后会产生夏孢子，它会产生夏孢子并再次感染。

大葱锈病的发生喜欢高湿、低温的气候条件。 锈孢子萌发的最适温度为9-18℃，相对湿度在90%以上，潜伏期为10天。 当温度高于24°C时，发病就会受到影响。 春季和秋季寒冷多雨会导致严重的疾病。 在北方，如果冬天温暖潮湿，有利于孢子越冬，来年春天锈病严重。 夏季气温低多雨，秋季发病较重。 田间肥力不足和植物生长不良也是导致严重锈病的一个因素。

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